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Cinco años después del caso del Titiritero, Tamaki Tamai, perito del Ministerio de Habilidades Espirituales, investiga la muerte de una eminencia en el campo de la Cibernética y un misterioso individuo que combina almas. Por su parte, 'Motoko Aramaki', un Cíborg que trabaja para Industrias Poseidón y controla múltiples cuerpos biónicos e identidades, saldrá de su rutina antiterrorista para enfrentarse a cierta amenaza que busca apoderarse de una nueva forma de vida artificial, pero inteligente.