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Tras obtener las tres cartas de los dioses en Battle City, Yugi las presenta ante la placa del antiguo Egipto del museo. Eso abre la puerta hacia sus recuerdos perdidos, y cae en el Egipto de hace 3,000 años, donde es el faraón. De repente, Bakura, el rey de los bandidos, ataca el palacio y unos sacerdotes portadores de los Artículos del Milenio lo defienden. ¿Qué otros misterios descubrirán?